Jung różnił się od Freuda również w ujęciu różnych poziomów świadomości. Był przekonany, że psychika ma trzy warstwy. Na powierzchni istnieje świadomość, pod nią jest indywidualna nieświadomość, a u podstawy leży nieświadomość zbiorowa lub obiektywna.
Świadomość zawiera postawy jednostki, jej ego i jej podejście do środowiska zewnętrznego. Jest również siedzibą procesów rozumowych i logicznych. To nie tylko zewnętrzna powłoka, jaką człowiek pokazuje światu, lecz również jego ujęcie owego świata i sposób, w jaki sobie z nim radzi.
Nieświadomość indywidualna mieści w sobie materiał psychiczny wyparty wcześniej ze świadomości rozmyślnie lub bezwiednie, jak również te pragnienia, które jeszcze nie dotarły do świadomej warstwy osobowości. Pod wieloma względami nieświadomość Indywidualna przypomina Freudowskie pojęcie „id”, lecz dla Junga id jest tylko „mniej lub bardziej sztuczny warstwą nieświadomości”. Zawiera w sobie fantazje, sny i ideologie człowieka, które są owocem osobistych przeżyć, spraw zapomnianych lub wypartych ze świadomości.
Nieświadomość zbiorowa lub obiektywna to największa i najgłębsza sfera psychiki. Jung uważał tę część ludzkiej nieświadomości za miejsce wspomnień należących do całej ludzkości, w którym tkwią korzenie czterech funkcji psychicznych, jakimi są: doznawanie wrażeń, intuicja, myślenie i odczuwanie emocji. Nieświadomość obiektywna jest zbiornikiem wszystkich ukrytych śladów pamięciowych pochodzących z całej historii człowieka. Jest wspólna wszystkim ludziom i daje schronienie całej wiedzy i mądrości dawnych czasów. A zatem, zgodnie z Jungiem, nieświadomość człowieka zna odpowiedzi na wszystkie możliwe pytania dotyczące początków ludzkości Wszystkie nasze ukryte lęki, pragnienia i skłonności również pochodzą od nieświadomości zbiorowej, a ego i nieświadomość indywidualna są na niej zbudowane.